A través de la Fiscalía de Estado, la Provincia de La Pampa interpuso ante la Corte Suprema de Justicia de la Nación una demanda contra Mendoza por la construcción de El Baqueano, argumentando que tiene un impacto negativo en el ambiente. 

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Pese a que se encuentran eligiendo nuevo gobernador, el actual gobierno pampeano decidió ir adelante con la acusación contra Mendoza, de la misma forma que lo hicieron con Portezuelo del Viento para evitar que se construya. 

Concretamente, La Pampa solicitó una medida cautelar para que no se avance con la obra sin previo estudio de impacto ambiental sobre toda la cuenca, además de la realización de una audiencia pública con la participación de la Nación y de todas las provincias que integran la cuenca.

La vecina provincia basa sus reclamos en la cuenca del río Desaguadero-Salado-Chadileuvú-Curaco que abarca las provincias de Catamarca, La Rioja, San Juan, Mendoza, San Luis y La Pampa. 

Como El baqueano se ubica en el río Diamante, La Pampa considera que puede verse afectada por una obra de tal magnitud como esta, por lo que decidió adelantarse a la siguiente jugada demandando a Mendoza. 

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La demanda tiene por objeto que se ordene no iniciar los "procedimientos y/o gestiones administrativas y/o trabajos que se estén llevando adelante con el fin de la concreción y puesta en funcionamiento de la obra denominada Aprovechamiento Hídrico Multipropósito El Baqueano".

La Pampa reclama la realización de un Estudio de Impacto Ambiental Regional sobre toda la Cuenca del río Desaguadero-Salado-Chadileuvú-Curaco, con carácter vinculante en su aprobación. Asimismo, se insiste en la creación de un Comité de Cuenca.